建立強而有力之組織運作及有效整合所內資源是本所得以不斷向前邁進之原動力。本所組織清晰劃分每單位之權責，以發揮該單位之最大效益為目標，並注重各單位間之協調運作與資源共享。
依交通部民用航空局民航人員訓練所組織條例規定 ，本所編制員額應為二十五至三十六名。置所長一人 ，副所長一人，下設教務組、實習組、培訓推廣組及總務組等四組，置組長四人，組員二至六人、專任教官六至十人、專員二人、技士一至二人、技術員四至六人、書記二人、會計員一人及人事管理員一人。
組織系統圖